มหาปัญญาวิทยาลัย จัดตั้งขึ้นตามดำริ ของท่านเจ้าคณะใหญ่อนัมนิกายแห่งประเทศไทย(เจริญ แซ่บู๊) ที่จะจัดตั้งสถาบันการศึกษาระดับอุดมศึกษา เพื่อพัฒนาคุณภาพและศักยภาพ พระภิกษุ สามเณร จึงได้ร่วมกับพระเถระอนัมนิกาย ไปปรึกษากับอธิการบดี (พระธรรมโกศาจารย์) มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พร้อมกับตัวแทนคณะกรรมการมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ทั้งหมดเห็นชอบร่วมกัน จึงได้ไปกราบทูลเจ้าพระคุณสมเด็จพุฒาจารย์ (เกี่ยว อุปเสโณ) เพื่อจัดตั้งวิทยาลัยสงฆ์ของอนัมนิกาย สมเด็จพุฒาจารย์เห็นด้วยกับความคิดนี้ ท่านได้ประทานนามวิทยาลัยว่า “มหาปัญญาวิทยาลัย”
ก่อนเปิดการเรียนการสอนวิทยาลัยต้องจัดทำาหลักสูตร ท่านอธิการบดีมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และคณะกรรมการฝ่ายวิชาการได้ให้คำาแนะนำกับทั้งช่วยตรวจความถูกต้องของหลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต สาขามหายานศึกษา ให้เป็นไปตามโครงสร้างหลักสูตรระดับปริญญาตรี ทุกอย่างสำเร็จลงได้ด้วยความอนุเคราะห์ของอธิการบดี กับคณะกรรมการฝ่ายวิชาการมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย มหาปัญญาวิทยาลัย เปิดการเรียนการสอนวันแรกเมื่อวันที่ ๑๐มิถุนายน ๒๕๔๕ เป็นต้นมา มีพระนิสิตและแม่ชี (ภิกษุจากไต้หวัน) พระนิสิตจากสิงคโปร์ พระนิสิตไทย ทั้งหมดรวม ๒๕ รูป คณาจารย์ที่มาสอนเป็นชาวต่างประเทศสัญชาติอินเดีย สิงคโปร์ ศรีลังกา ฟิลิปปินส์กับทั้งที่เป็นพระภิกษุและฆราวาสชาวไทย
วันเปิดการเรียนการสอนวันแรก เป็นวันที่น่ายินดีของคณะกรรมการทุกฝ่าย รวมทั้งหัวหน้าส่วนงานราชการในจังหวัดสงขลา เพราะก่อนภาระงานการเปิดมหาปัญญาวิทยาลัย ผู้รับมอบหมายจัดตั้งมหาปัญญาวิทยาลัย (องพจนกรโกศล) ได้เชิญหัวหน้า หรือตัวแทนของทุกภาคส่วนราชการจากส่วนงานสภาความมั่นคง จากบริษัทเอกชน และจากโรงเรียน รวมทั้งส่วนงานของคณะสงฆ์ในจังหวัดมาร่วมประชุม เพื่อชี้แจงถึงการเปิดวิทยาลัยสงฆ์อนัมนิกายในจังหวัดสงขลา พร้อมขอคำแนะนำ และชี้แนะทุกฝ่ายให้ความร่วมมือด้วยดี องพจนกรโกศล ท่านปรารถว่าจะตอบแทนคุณสมเด็จพุฒาจารย์(เกี่ยว อุปเสโณ) พร้อมทั้งคณะผู้ดำาเนินการจัดตั้ง ทั้งคณะผู้ผลักดันให้เกิดวิทยาลัยของคณะสงฆ์อนัมนิกายซึ่งหมายรวมทั้งอธิการบดี (พระพรหมบัณฑิต)กับคณาจารย์ฝ่ายต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยด้วย โดยการไม่เก็บค่าเล่าเรียน และไม่เก็บค่าใช้จ่ายใดๆ ทั้งสิ้นรวม ๔ ปีการศึกษาพร้อมทั้งจัดอาหารเพลถวายพระนิสิตตลอด ๔ ปี ในปีการศึกษาที่ ๕ จึงได้เก็บค่าบำารุงการศึกษา และค่าหน่วยกิตในราคาหน่วยละ ๑๐๐ บาท การที่พระนิสิตมาจากครอบครัวและจากสังคมที่ควรได้รับการอนุเคราะห์จึงขอผ่อนจ่ายคณะผู้บริหารจึงอนุญาต แต่มีข้อแม้ว่าต้องจ่ายในภาคเรียนสุดท้ายก่อนส่งชื่อเข้ารับปริญญา
ในปีการศึกษาถัด ๆ มามีจำานวนผู้มาสมัครเข้าเรียนไม่มาก แต่ผู้รับมอบหมายจัดตั้งมหาปัญญาวิทยาลัยมีปณิธานที่แน่วแน่จะพัฒนาคุณภาพ และศักยภาพ ศาสนทายาท อย่างแท้จริง ท่านได้กล่าวกับคณาจารย์ผู้บริหารการเรียนการสอนว่า แม้มีมาสมัครเรียน ๑ รูป ก็จะเปิดสอนเพราะวิทยาลัยไม่ได้จัดการศึกษาเพื่อการค้า ท่านได้เตรียมการดำาเนินงานของวิทยาลัยด้านวิชาการ ด้วยการนำพระบัณฑิตของมหาปัญญาวิทยาลัย กับสามเณรที่สำาเร็จการศึกษาจากโรงเรียนปริยัติธรรมสามัญของโรงเรียนมหาปัญญา มีพื้นฐานภาษาอังกฤษดีกับทั้งได้ส่งสามเณรไปเรียนภาษาอังกฤษที่สิงคโปร์เพื่อให้ไปศึกษาต่อที่สหรัฐอเมริกาคาดว่าเมื่อสำาเร็จการศึกษา ได้รับมอบหมายให้มาร่วมงานบริการการศึกษา และเป็นอาจารย์ในมหาปัญญาวิทยาลัย
๑. เพื่อพัฒนาคุณภาพ ศักยภาพ พระภิกษุ สามเณร ทุกนิกาย ทุกเชื้อชาติ รวมทั้งคฤหัสถ์ชายผู้สนใจ
๒. เพื่อส่งเสริม และอนุรักษ์พระพุทธศาสนา รวมทั้งอนุรักษ์วัฒนธรรมถิ่น
๓. เพื่อเป็นศูนย์กลางศึกษาการอบรมวิชาการพระพุทธศาสนา และส่งเสริมการศึกษาต่อเนื่อง
๔. เพื่อพัฒนาศักยภาพ กับเพิ่มจำานวนพระสงฆ์ สามเณร นิกายมหายานอนัมนิกายเพื่อให้อนุรักษ์สืบทอดพิธีกรรมพระพุทธศาสนา และทั้งอนุรักษ์งานศิลป์ที่ใช้ในพิธีกรรมของชาติพันธุ์ซึ่งช่วยส่งเสริมเศรษฐกิจสร้างสรรค์ให้กับท้องถิ่น
ปรัชญา : ศูนย์กลางการศึกษาพระพุทธศาสนา บูรณาการกับศาสตร์สมัยใหม่ พัฒนาจิตใจ และสังคม
ปณิธาน : ให้การศึกษาพระไตรปิฎก และวิชาการชั้นสูงสำาหรับพระภิกษุ สามเณรและคฤหัสถ์
วิสัยทัศน์ : พัฒนาให้เป็นศูนย์กลางการศึกษาพระพุทธศาสนา พัฒนาบัณฑิตให้เป็นคนดีคนเก่ง ช่วยเหลือสังคม
พันธกิจ : ให้การศึกษา ส่งเสริมการวิจัย บริการวิชาการพระพุทธศาสนาและทะนุบำารุงศิลปวัฒนธรรม
สุภาษิต : ปญฺญาย ปริสุชฺฌติ “มนุษย์บริสุทธิ์ได้ด้วยปัญญา”