ในปีพ.ศ. ๒๕๓๘ สมาชิกและตัวแทนของสมาคมพระพุทธศาสนาประเทศจีน (CBA)ได้จัดการประชุมระดับชาติ ซี่งผู้ที่เข้าร่วมงานบางท่านได้กล่าวถึงมหาวิทยาลัย ๕ แห่งซึ่งถูกก่อตั้งโดยกลุ่ม/ชุมชนทางพระพุทธศาสนาในประเทศไต้หวัน และยังกล่าวข้อเท็จจริงที่ว่า มหาวิทยาลัยดังกล่าวไม่ได้ถูกจัดให้เป็นสถาบันซึ่งมีพื้นฐานมาจากการบ่มเพาะทางการศึกษาสูงสุดของภาคสงฆ์ นั่นคือพระในพระพุทธศาสนา และแม่ชี จากความเห็นดังกล่าว สมาชิกของ CBAในการประชุมครั้งนั้นได้ให้ข้อเสนอแนะว่า ทางสมาคมสมควรที่จะดำาเนินการจัดตั้งมหาวิทยาลัยเพื่อพระสงฆ์
เนื่องจากมีการนำาเสนอความจำเป็นอย่างเร่งด่วนในการจัดตั้งมหาวิทยาลัยเฉพาะเพื่อพระสงฆ์ ทำาให้สมาชิกที่มาเข้าร่วมประชุมให้ความเห็นชอบอย่างเอกฉันท์ และอนุมัติข้อเสนอดังกล่าวท่ามกลางการประชุมในครั้งนั้น พระธรรมาจารย์ชิงสิง ซึ่งในขณะนั้น คือประธานของ CBA และเป็นผู้ที่ได้รับการแต่งตั้งให้รับผิดชอบและหามาตรการคัดเลือกในการจัดตั้งมหาวิทยาลัยเฉพาะเพื่อพระสงฆ์ภายหลังจากการประชุมคณะกรรมการกลางของ CBAแต่ทว่าการจัดตั้งมหาวิทยาลัยเฉพาะเพื่อพระสงฆ์นั้นไม่ใช่เรื่องง่าย เนื่องจากต้องจัดตั้งให้อยู่ภายใต้กฎระเบียบและข้อบังคับ ของกระทรวงศึกษาธิการแห่งสาธารณรัฐประชาธิปไตย ประชาชนจีน และกฎหมายของรัฐฯ ซึ่งในการกระชุมครั้งนั้นยังเกิดความคลางแคลงสงสัยในการจัดตั้งมหาวิทยาลัยดังกล่าวว่าจะเป็นไปได้หรือไม่
พระธรรมาจารย์ชิงสิงได้เข้ารับมอบปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ จากมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย แห่งประเทศไทยเมื่อวันที่ ๒๐ พฤษภาคม ๒๕๔๔ ซึ่งในขณะที่ท่านพำนักอยู่ในประเทศไทยนั้น ท่านได้กล่าวกับพระธรรมโกศาจารย์ อธิการบดีแห่งมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เกี่ยวกับสถานการณ์ความยุ่งยากที่ประสบ รวมทั้งข้อจำากัดต่างๆ ในการจัดตั้งมหาวิทยาลัยเฉพาะเพื่อพระสงฆ์ระหว่างสองประเทศ ซึ่งในการนั้นพระธรรมาจารย์ชิงสิงได้ให้ข้อเสนอแนะในเรื่องความเป็นไปได้ในการจัดตั้งมหาวิทยาลัยที่เป็นสาขาของ มจรในประเทศไชนีสไทเป
มจร แห่งประเทศไทยไม่ได้เป็นมหาวิทยาลัยระดับประเทศเพียงแห่งเดียวที่มีประวัติสืบทอดมายาวนาน แต่ยังเป็นสถาบันที่มีการจัดการเรียนการสอนในหลักสูตรประกาศนียบัตรซี่งเป็นที่ยอมรับไปทั่วโลก หลังจากช่วงเวลาหลายปีของการเตรียมความพร้อมและการประเมินหลายครั้งจากคณะกรรมการจากคณะต่างๆ ของ มจร ที่ได้ทำาการเข้าไปเยี่ยมชมตามโรงเรียนต่างๆ และบรรยากาศโดยรอบจำานวนทั้งหมด ๓ ครั้งในช่วงหลายปีที่ผ่านมา ซึ่งคณะกรรมการรู้สึกพอใจกับสถาบันที่วัดกวงเต๋อเป็นอย่างมากในเรื่อง ฮาร์ดแวร์ และซอฟท์แวร์ที่ใช้ ทั้งนี้จากความเห็นชอบอนุมัติจากคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัย (SAC) จึงได้มีการจัดตั้งมหาวิทยาลัยสงฆ์จิ้งเจี๋ยขึ้นในการเปิดช่วงแรก ของพิธีเปิดเมื่อวันที่ ๑๐ กันยายน ๒๕๔๖ ซึ่งพระธรรมโกศาจารย์ อธิการบดีแห่งมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย รวมทั้งคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัยได้เดินทางไปเข้าร่วมแสดงความยินดีในเหตุการณ์ประวัติศาสตร์ครั้งนี้ โดยมีพระธรรมาจารย์เจ่อกวน (Chueh Kuan) ผู้นำาแห่งมหาวิทยาลัยสงฆ์จิ้งเจี๋ย เป็นผู้แสดงปาฐกถาในเหตุการณ์สำาคัญครั้งนั้น
เมื่อวันที่ ๒๖ ตุลาคม ๒๕๔๗ พระธรรมโกศาจารย์ อธิการบดีแห่งมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และสมาชิกจาก 1๗ สถาบันการศึกษา ได้เข้ายี่ยมชมวัดกวงเต๋ออีกครั้ง เพื่อส่งมอบใบประกาศนีบัตรอนุญาตการจัดตั้งวิทยาลัยอย่างเป็นทางการ ให้แก่พระธรรมาจารย์ชิงสิง อธิการบดีของมหาวิทยาลัยสงฆ์จิ้งเจี๋ย โดยที่มหาวิทยาลัยแห่งนี้ไม่มีการเก็บค่าเทอม ค่าใช้จ่ายเบ็ดเตล็ด และค่าที่พักตลอด ๔ ปีการศึกษา โดยผู้ที่จบการศึกษาด้วยคะแนนเรียนดี นอกจากจะได้รับใบประกาศนียบัตรจาก มจร แล้งยังมีโอกาสที่จะได้ไปศึกษาต่อยังมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในกรุงเทพฯ ประเทศไทยในระดับปริญญาโท และปริญญาเอกอีกด้วย
เมื่อวันที่ ๑๘ กรกฎาคม ๒๕๕๒ พระธรรมโกศาจารย์ อธิการบดีแห่งมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัย มจร กว่า ๒๐ท่าน ได้เดินทางไปยังมหาวิทยาลัยสงฆ์จิ้งเจี๋ยอีกครั้ง เพื่อส่งมอบใบประกาศนียบัตรอนุมัติบัณฑิตวิทยาลัย ในการศึกษาพระพุทธศาสนามหายาน ให้แก่พระธรรมาจารย์ชิงสิง อธิการบดีของมหาวิทยาลัยสงฆ์จิ้งเจี๋ย โดยหลังจากนั้นก็มีการเปิดรับนิสิตระดับบัณฑิตศึกษา ในช่วงแรกประมาณเดือนกันยายน
มหาวิทยาลัยสงฆ์จิ้งเจี๋ยได้เริ่มต้นช่วงแรกของการเรียนระดับปริญญาตรี หลักสูตรพระพุทธศาสนามหายาน เมื่อวันที่ ๑๐ กันยายน ๒๕๔๖ ซึ่งต้องกราบขอบพระคุณพระธรรมโกศาจารย์, ศ.ดร. อธิการบดีแห่งมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย สำหรับปัญญา วิสัยทัศน์ที่กว้างไกล รวมทั้งความเอาใจใส่ต่อระบบการศึกษาของพระสงฆ์ ประเทศไชนีสไทเป ที่ทำให้สามารถก่อตั้งมหาวิทยาลัยสงฆ์จิ้งเจี๋ยซึ่งเป็นสถาบันสมทบของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ตั้งอยู่ที่วัดกวงเต๋อ เมืองเกาฉง ประเทศไชนีสไทเป ทั้งนี้ความร่วมมือของทั้งสองประเทศนั้น เป็นเหตุการณ์สำาคัญทางประวัติศาสตร์ในการร่วมมือ กันระหว่างพระพุทธศาสนาฝ่ายเถรวาทและมหายาน และเป็นเสมือนการบุกเบิกการเริ่มต้นการจัดการระบบการศึกษาพระสงฆ์ โดยความร่วมมือระหว่างพุทธศาสนิกชนชาวไชนีสไทเปและพุทธศาสนิกชนต่างชาติซึ่งเป็นสิ่งที่แสดงความสำคัญอย่างยิ่ง
มหาวิทยาลัยสงฆ์จิ้งเจี๋ยเป็นสถาบันการศึกษาเพื่อสังฆะที่ก้าวหน้า และมุ่งเน้นความเชี่ยวชาญในการเก็บเกี่ยวผลผลิตการเผยแผ่ธรรมะ ดังนั้นนอกเหนือจากการมุ่งเน้นในเรื่องการเรียนรู้ทางด้านวิชาการ มหาวิทยาลัยแห่งนี้ยังมุ่งให้ความสำคัญในการสร้างเสริมจิตใจแห่งการค้นหาทางแห่งการตรัสรู้ และการแผ่ขยายคุณธรรมความดี ฉะนั้นนิสิตทุกท่านที่มาพำานักใช้ชีวิตประวัติและพัฒนาการมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ๓๑๓อยู่ร่วมกับพระสงฆ์เป็นหมู่คณะ ณ วัดกวงเต๋อ ต้องปฏิบัติร่วมกันเป็นกลุ่มทุกเช้า ซึ่งจุดประสงค์ ก็เพื่อการจัดการนักเรียนสงฆ์ด้วยมาตรฐานที่เข้มงวด โดยหวังว่านิสิตสงฆ์เหล่านี้จะกลายเป็นผู้ที่มีความสามารถเป็นพิเศษในการสร้างความก้าวหน้าให้แก่วงการสงฆ์ ทั้งในด้านองค์ความรู้และศีลธรรม
ด้วยความเมตตาช่วยเหลือจากพระธรรมโกศาจารย์, ศ.ดร. อธิการบดีแห่งมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย จึงทำาให้มีการก่อตั้งมหาวิทยาลัยสงฆ์จิ้งเจี๋ย ภายในวัดกวงเต๋อเมืองเกาฉง ประเทศไชนีสไทเป เมื่อปีพ.ศ. ๒๕๔๖ ต่อมาในปีพ.ศ. ๒๕๕๒ พระธรรมาจารย์ชิงสิง อธิการบดีของมหาวิทยาลัยสงฆ์จิ้งเจี๋ย มีความเห็นว่าเป็นภาระหน้าที่ของท่านที่จะจัดการเรียนการสอนในระดับบัณฑิตศึกษาขึ้น ณ มหาวิทยาลัยแห่งนี้ เพื่อรองรับนิสิตที่ต้องการจะศึกษาต่อหลังจากเรียนจบ ภายใต้การอนุมัติจากมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยหลักสูตรในภาคการศึกษาแรก คือ ปริญญาพุทธศาสตร์บัณฑิตศึกษา สาขาพระพุทธศาสนามหายาน ก็ได้เปิดรับสมัครนิสิตที่มีคุณสมบัติตามข้อกำาหนดเมื่อเดือนกันยายน ปีพ.ศ. ๒๕๕๒โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อผลิตมหาบัณฑิตทางพระพุทธศาสนาที่มีสัมมาทิฏฐิ หรือความเข้าใจที่ถูกต้องเกี่ยวกับพระพุทธศาสนามหายาน และวิทยาการสมัยใหม่ ซึ่งจะเป็นประโยชน์ต่อการศึกษาและเผยแผ่พระพุทธศาสนา ทั้งยังเพื่อผลิตมหาบัณฑิตทางพระพุทธศาสนาที่มีความประพฤติดีงามมีศีลธรรม และมีความสามารถที่จะนำาหลักคำาสอนทางพระพุทธศาสนามหายานไปใช้เพื่อพัฒนาตนเองและสังคม พร้องทั้งเป็นผู้ที่เปี่ยมด้วยความอยากเรียนรู้ ความคิดสร้างสรรค์ และความสามารถในการทำางานวิจัยทางพระพุทธศาสนา เพื่อผลิตองค์ความรู้ใหม่ทางด้านพระพุทธศาสนามหายาน
หลักสูตรปริญญาตรี สาขาพระพุทธศาสนามหายานรุ่นที่ ๑๓ และหลักสูตรมหาบัณฑิตสาขาพระพุทธศาสนามหายานรุ่นที่ ๑๗ จะเริ่มต้นในวันที่ ๑๔ กันยายน พ.ศ. ๒๕๕๘ โดยทางมหาวิทยาลัยหวังว่าพระสงฆ์จากหลากหลายประเทศจะสามารถเข้ามาร่วมเรียนเพื่อที่จะมีการเรียนรู้ที่เป็นเลิศ และอนาคตทางการศึกษาที่สดใส