1. มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ซึ่งไม่ใช่หน่วยงานของรัฐที่เป็นส่วนราชการ จึงไม่ อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติแต่อย่างใด
2. การเสนอเรื่องในการดำเนินการเกี่ยวกับกฏหมาย เพื่อปฏิบัติไปตามพระราชบัญญัติ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๔๐ จึงต้องดำเนินการเสนอโดยตรงต่อนายกรัฐมนตรี ในฐานะเป็นผู้รักษาการและกำกับดูแลตามมาตรา ๕๑ และมาตรา ๔๘๒ แห่งพระราชบัญญัติ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๔๐ โดยไม่ต้องดำเนินการผ่าน สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติแต่ประการใด
3. เมื่อมาตรา ๘๖ แห่งพระราชกฤษฎีกาดังกล่าวได้ โอนบรรดาอำนาจหน้าที่ในส่วนที่เกี่ยวกับ การปฏิบัติตามกฏหมาย กฎ ระเบียบ ข้อบังคับ ประกาศ หรือคำสั่งของรัฐมนตรีเจ้าสังกัด ของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ซึ่งเดิมเป็นของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการให้มาเป็นของนายกรัฐมนตรีแล้ว อำนาจหน้าที่ในการจัดสรรงบประมาณของมหาวิทยาลัยให้เป็นรายปี ตามมาตรา ๑๓(๑)๓ จึงต้องกระทำโดยการเสนอแนะ ของนายกรัฐมนตรี มิใช่โดยกระทรวงศึกษาธิการ หรือ สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ

สำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกา

มกราคม ๒๕๔๖

๑มาตรา ๕ ให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการรักษาการตามพระราชบัญญัตินี้

๒มาตรา ๔๘ รัฐมนตรีมีอำนาจและหน้าที่กำกับดูแลโดยทั่วไปซึ่งกิจการของมหาวิทยาลัย ให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ที่กำหนดในมาตรา ๖ และให้สอดคล้องกับนโยบายของรัฐบาล

๓มาตรา ๑๓ รายได้ของมหาวิทยาลัย มีดังนี้

(๑) เงินอุดหนุนทั่วไปที่รัฐบาลจัดสรรให้เป็นรายปี